阿坝州地处青藏高原东南缘，横断山脉北端与川西北高山峡谷的结合部，地貌以高原和高山峡谷为主。东南部为高山峡谷区，中部为山原区，西北部为高原区。长江上游主要支流岷江、大渡河纵贯全境，是黄河流经四川惟一的地区，是黄河上游的重要水源地。

复杂的地形地貌，多样的气候。气温自东南向西北并随海拔由低到高而相应降低。西北部的丘状高原属大陆高原性气候，四季气温无明显差别，冬季严寒漫长，夏季凉寒湿润，年平均气温0.8℃～4.3℃。山原地带为温凉半湿润气候，夏季温凉，冬春寒冷，干湿季明显，气候呈垂直变化，高山潮湿寒冷，河谷干燥温凉，年平均气温5.6℃～8.9℃。高山峡谷地带，随着海拔高度变化，气候从亚热带到温带、寒温带、寒带，呈明显的垂直性差异，海拔2500米以下的河谷地带降水集中，蒸发快，成为干旱、半干旱地带，海拔2500～4100米的坡谷地带是寒温带，年平均气温1℃～5℃,海拔4100米以上为寒带，终年积雪，长冬无夏。

阿坝州复杂的地形地貌、多样的气候，构成了独特的地理环境，保留下世界上别的地方早已绝迹的动植物资源，如熊猫、珙桐等活化石，保留了在工业文明中难以找到的静谧、古朴的壮丽自然景观，如九寨沟、黄龙等世界自然遗产。蕴藏了丰富的水能资源、矿产资源。生态环境的独特性为发展生态农牧业提供了天然的优势。